De Franciscanen hebben in het gebied rondom Vukovar al eeuwen lang een belangrijke rol gespeeld en hebben hun sporen achtergelaten, niet alleen op religieus gebied maar ook qua onderwijs en culturele ontwikkeling van het gebied. Al sinds de middeleeuwen zijn Franciscanen hier actief, er waren ooit zeven franciscaner kloosters in de deze provincie.

Vooral tijdens de overheersing van het Ottomaanse rijk speelden de Franciscanen een belangrijke rol, toen ze nog steeds hun gelovigen bijstonden. Onmiddellijk na de bevrijding keerden ze terug op hun oude stek en richtten ze hun residenties weer in, waar ze weer vol ijver aan de slag gingen tot op de dag van vandaag.

In 1723 gaf bisschop Nesselrod van Pec de Franciscanen toestemming om in Vukovar een klooster en een kerk te bouwen. Toen is begonnen met de bouw van het monumentale franciscaner complex, het oudste en meest prominente Barokke gebouw van Vukovar. De hoofdgebouwen van dit complex zijn binnen 13 jaar afgerond, maar door de latere toevoegingen van kloosterverdiepingen duurde de bouw de gehele 18e eeuw. Rond 1760 heeft Ambrosius Jankovic de olieschilderijen op het altaar gemaakt. Haar uiteindelijke vorm kreeg het klooster en de kerk van St. Philip en Jakob na de historistische renovatie en uitbreiding van 1896 tot 1897 o.l.v. architect R. Jordan. Toen is de van oorsprong enkelscheepse Barokke kerk verlengd en verbreedt met twee schepen - kapellen aan beide zijkanten.

Het Franciscaner klooster in Vukovar was een centrum van geloof, onderwijs en cultuur. De Franciscanen waren de motor achter het volksonderwijs voor de katholieke jeugd. Het bestuur van de Franciscaner provincie heeft al in 1733 in het klooster in Vukovar de studierichting filosofie geopend die vijftig jaar actief bleef. Één van de bekendste professoren aan deze faculteit was Frater Josip Jankovic uit Vukovar. Dankzij zijn invloed in Rome kreeg hij van de paus Benedictus XIV het lichaam van St. Bono de Martelaar dat hij overbracht naar Vukovar en begroef in de kerk van St. Philip en Jakob. Van 1804 tot 1900 is in het klooster de faculteit theologie met langere en kortere tussenpozen actief.

De ijverige Franciscanen hebben door de eeuwen heen verschillende kunstschatten verzameld: schilderijen, beeldhouwwerken, archieven, boeken, en liturgische bekers. De uitgebreide en zeer waardevolle kloosterbibliotheek , qua collectie een van de meest waardevolle oude bibliotheken in Kroatië , had 17.000 titels, en in de schatkamer van het klooster bevonden zich zilveren en vergulde liturgische bekers van kunstenaars uit de 16e tot de 20e eeuw. Schilderijen van kunstenaars uit de Barok en later periodes sierden altaren en muren van de kerk en het klooster.

Tot aan de verwoesting tijdens de Vaderlandse oorlog, toen de kerk vernield werd en de franciscanen verdreven werden, was het Franciscaner klooster en de kerk van St. Philip en Jakob één van de oudste best bewaarde Barokke monumenten van Kroatië en sowieso het oudste gebouw van Vukovar. Het complex is inmiddels gerestaureerd en geregistreerd als cultureel monument van de A categorie. De restauratie is gerealiseerd dankzij een schenking van de provincie Zagreb.

De kerk van Vukovar is met haar lengte van 58 meter de op twee na grootste kerk in Kroatië, na de Kathedraal van Zagreb en die van Dakovac.