Durant plusieurs siècles, les Franciscains ont joué dans le secteur de Vukovar un rôle extrêmement important et laissé une empreinte ineffaçable non seulement sur l'éducation religieuse mais également sur l'enseignement et le développement culturel de toute cette région. La présence des Franciscains dans ce secteur remonte à l'époque médiévale où le Comitat de Vukovar (Valkó) compte sept couvents franciscains.
Les Franciscains jouent un rôle très important sous le règne ottoman, car ils restent tout le temps avec leur communauté de fidèles. À l'issue de la guerre de libération de l'emprise des Turcs ottomans, les Franciscains retournent dans leurs anciens sièges, y fondent leurs résidences et poursuivent avec application leur activité jusqu'à nos jours.
En 1723, l'évêque de Pécs Mgr Nesselrod donne aux Franciscains l'autorisation de construire à Vukovar l'église et le couvent. C'est la même année que commence la construction du complexe franciscain monumental, l'édifice le plus ancien et le plus marquant du Vukovar baroque. La construction de la majeure partie de ce complexe a duré 13 ans, mais les travaux d'élargissement et d'ajout de nouveaux étages se sont poursuivis tout au long du XVIIIème siècle. Autour de l'an 1760, le peintre Ambrozije Janković réalise le tableau de l'autel de l'église à la peinture à l'huile. Le couvent franciscain de Vukovar acquiert sa forme finale avec l'église Saint-Philippe-et-Saint-Jacques après la rénovation historiciste et l'élargissement de l'église en 1896 et en 1897, réalisés selon le projet élaboré par l'architecte R. Jordan. C'est au cours de ces travaux que l'église à nef unique est allongée et élargie par l'ajout de deux nefs – chapelles latérales.
Le couvent franciscain de Vukovar a été un haut lieu de la foi, de l'enseignement et de la culture. Les Franciscains ont été directement impliqués dans l'enseignement de la jeunesse catholique. En 1733, la direction de la province franciscaine a ouvert dans le couvent de Vukovar la Faculté de philosophie qui existait cinquante ans. Parmi les enseignants de la Faculté franciscaine de philosophie, il faut mentionner le frère Josip Janković de Vukovar. Grâce à son influence à Rome, il a obtenu du pape Benoît XIV l'autorisation de transporter à Vukovar et d'enterrer dans l'église franciscaine Saint-Philippe-et-Saint-Jacques la dépouille de saint Bono le Martyr. Dans la période 1804-1900, avec quelques interruptions, le couvent abrite la Faculté de théologie.
À travers plusieurs siècles, les Franciscains ont collectionné avec assiduité des œuvres d'art : tableaux, sculptures, documents d'archive, livres et ustensiles liturgiques. La bibliothèque du Couvent franciscain de Vukovar, qui est par son fonds de grande valeur l'une des plus riches bibliothèques anciennes en Croatie, possédait 17.000 volumes, tandis que le trésor du couvent recelait les ustensiles liturgiques en argent et dorés, objets d'art réalisés entre le XVIème et le XXème siècle. Les tableaux des maîtres baroques et des peintres plus modernes ornaient les autels, les murs de l'église et l'intérieur du couvent.
Jusqu'à la Guerre pour la défense de la Patrie, au cours de laquelle l'église est détruite et les Franciscains exilés, le couvent franciscain et l'église Saint-Philippe-et-Saint-Jacques était le plus ancien monument baroque préservé et le plus ancien édifice de Vukovar. Le complexe est aujourd'hui entièrement reconstruit et classé monument culturel de grade I (catégorie A). Les travaux de reconstruction ont été réalisés grâce au don financier du Comitat de Zagreb.
L'église de Vukovar, avec 58 mètres de longueur, est la troisième plus grande église en Croatie, après la cathédrale de Zagreb et la cathédrale de Đakovo.
